隨著 2008 年 8 月 7 日 高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理網(wǎng)（ https://www.innocom.gov.cn/huojupublish/index.htm ）的再次全面開(kāi)通運(yùn)營(yíng)，江蘇、浙江、上海等省市的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定工作的陸續(xù)啟動(dòng)，其他省市如：北京、黑龍江、天津等省市也將于近期全面啟動(dòng)認(rèn)定工作，結(jié)合我們?yōu)閲?guó)內(nèi)數(shù)十家高新技術(shù)企業(yè)提供高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定咨詢、策劃、輔導(dǎo)的實(shí)務(wù)經(jīng)驗(yàn)，當(dāng)前高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定主要面臨一下困境：
一、   許多高新技術(shù)企業(yè)自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)有問(wèn)題。 
核心知識(shí)產(chǎn)權(quán)是本次高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的亮點(diǎn)之一； 2008 年 8 月 5 日下午 ，在“全國(guó)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作視頻會(huì)議”上科技部萬(wàn)鋼部長(zhǎng)也再次強(qiáng)調(diào)核心自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)是申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)的必備核心要件之一。另外，自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)亦是企業(yè)“其他指標(biāo)”的重要評(píng)價(jià)依據(jù)之一。如果企業(yè)沒(méi)有知識(shí)產(chǎn)權(quán)，或者僅有商標(biāo)權(quán)將難以通過(guò)本次高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定。企業(yè)應(yīng)該盡快采取措施進(jìn)行調(diào)整，否則將難以繼續(xù)享受稅收優(yōu)惠政策。建議：通過(guò)獨(dú)家授權(quán)使用合同安排。 
二、   研發(fā)費(fèi)用不足，也是企業(yè)普遍存在的問(wèn)題。 
好多企業(yè)因?yàn)檫^(guò)去管理松散，沒(méi)有單獨(dú)核算“研發(fā)費(fèi)用”，造成目前研發(fā)費(fèi)用不足，成為認(rèn)定高新的主要障礙，另外本次高新認(rèn)定要求企業(yè)需要按照研發(fā)項(xiàng)目填報(bào)研發(fā)費(fèi)用，如果僅有研發(fā)費(fèi)用而沒(méi)有研發(fā)項(xiàng)目的還是達(dá)不到規(guī)定的要求。這些企業(yè)應(yīng)該盡快在專業(yè)人士的協(xié)助下，做出規(guī)劃，少走彎路，提高效率。建議：企業(yè)應(yīng)該設(shè)立研發(fā)中心，便于歸集研發(fā)費(fèi)用。 
三、   有些企業(yè)科技和研發(fā)人員比例無(wú)法達(dá)到規(guī)定的指標(biāo)，特別是有些規(guī)模較大的生產(chǎn)企業(yè)。 
盡管企業(yè)各方面都達(dá)到規(guī)定的要求，但由于企業(yè)規(guī)模龐大，生產(chǎn)技術(shù)工人較多，科技人員和研發(fā)人員的比例無(wú)法達(dá)到 30 ％、 10 ％的最低要求，這樣的企業(yè)同樣面臨困境。這樣的企業(yè)短期內(nèi)無(wú)法調(diào)整，比較麻煩。建議：要么勞務(wù)外包，要么分立生產(chǎn)環(huán)節(jié)。 
四、   關(guān)于申報(bào)資料失實(shí)的問(wèn)題。 
由于本次高新認(rèn)定管理辦法明確規(guī)定，高新認(rèn)定中資料經(jīng)核實(shí)失實(shí)的要取消高新技術(shù)企業(yè)資格， 5 年不會(huì)受理。所以企業(yè)要策劃好自己的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定資料，明顯不附的風(fēng)險(xiǎn)和成本是非常巨大的。取消資格之后的工作就是稅務(wù)機(jī)關(guān)將依法追繳企業(yè)所得稅和滯納金，特別需要關(guān)注的是目前征管法沒(méi)有了漏稅的概念，只能認(rèn)定為偷稅，這個(gè)風(fēng)險(xiǎn)會(huì)更大。策劃高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定合法性是前提，空間有，風(fēng)險(xiǎn)亦非常大，必須關(guān)注。 
五、   關(guān)于通過(guò)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定未來(lái) 3 年復(fù)審的問(wèn)題。 
目前高新技術(shù)企業(yè)證書(shū)的有效期是 3 年，因此到期后還需要重新復(fù)審，復(fù)審?fù)ㄟ^(guò)不了也就應(yīng)意味著稅收優(yōu)惠到期了，那么這要求企業(yè)在策劃本次高新認(rèn)定的工作中要有前瞻性，最好做成一個(gè)企業(yè)核算及運(yùn)營(yíng)的模型，而不是朝令夕改的處理方式，這樣才能確保未來(lái) 3 年期滿后還能認(rèn)定成高新技術(shù)企業(yè)。從我們的經(jīng)驗(yàn)來(lái)看，我們是結(jié)合高新認(rèn)定的要求給企業(yè)做出一個(gè)可以長(zhǎng)期操作的模型，一個(gè)目的是降低風(fēng)險(xiǎn)，一個(gè)目的是規(guī)范化。